抗體特異性結合抗原的原理：抗體由V區和C區組成，其中的V區的互補決定區（complementarity determining region, CDR）可組成抗原結合槽，抗原結合槽可以與相應的抗原表位以鎖-匙（key-lock)互補關系進行特異性識別與結合（如下圖）。因此不同V區的抗體可識別并結合不同的抗原。
特異性的選擇主要需要考慮四個方面：蛋白特異性、種屬特異性、實驗方法特異性、標記物的特異性。
1、蛋白特異性
針對需要檢測的蛋白查找抗體，幾個細節要區分：
a.重組蛋白如果不是全長表達，則需要注意抗體的免疫原區域是否在重組蛋白區域內。
b.內源性蛋白最好能清楚其剪切與修飾的方式，特殊表型的蛋白需要進行序列比對，并結合抗體免疫原序列，查看交叉反應的情況。
c.磷酸化蛋白檢測需要確定具體位點，不同位點的磷酸化意味著可能有不同的機制存在，不宜一概而論。
2、種屬特異性
同種蛋白不同物種，有著或大或小的差異。
a.目前大部分商品化抗體都是以人源蛋白序列為模板重組蛋白或設計多肽抗原的，根據蛋白的同源性的情況與其他種屬發生交叉反應。需要參照說明書注明的可反應種屬信息。
b.一些稀有種屬很難找到抗體，可以通過蛋白的序列比對，選擇同源序列免疫的抗體，不過一般這種情況生產商不會受理其關于質量的申訴，如果可以申請到免費的抗體樣品，則利于抗體選擇。
3、實驗方法特異性
目前使用抗體的實驗方法有很多，不同的使用方法過程中，因為對蛋白樣品的處理方式不一樣，蛋白的含量有差異，對抗體的識別表位和效價要求都是不一樣的。
4、標記物的特異性
一般基于實驗操作的實驗方法不會使用帶有標記的一抗，比如 WB、IHC 等，都是通過二抗類的試劑標記達到結果呈現的目的。但是基于儀器分析的一些實驗，可能就會使用到直接標記的一抗，比如流式實驗。那么需要了解到自己將要使用的儀器能檢測到的熒光范圍，針對不通的參數要求選擇對應的標記物。在免疫熒光雙標實驗中，需要選配不同的熒光標記物。
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